対応分析の結果に信頼区間を描く

 今回は、anacorパッケージを使って、対応分析の結果として得られるバイプロットに95%信頼区間を描きます。分析データは、tocherとします。*1
 まず、anacorパッケージで対応分析を実行するには、anacor関数を使います。*2 その際、引数ellipseでTRUEを指定します。

# パッケージの読み込み
library(anacor)
# データの読み込み
data("tocher")
# 対応分析の実行
anacor.result <- anacor(tocher, scaling = c("standard", "standard"), ellipse = TRUE)

 そして、分析結果を視覚化するには、plot関数を使います。その際、引数plot.typeでjointplotを指定すると、信頼区間の楕円 (95% confidence ellipsoids) が描かれます。*3

# 結果の視覚化
plot(anacor.result, plot.type = "jointplot")

 上記のスクリプトを実行すると、以下のような図が表示されます。

f:id:langstat:20150328130525p:plain

*1:このデータは、MASSパッケージのcaithと同じもので、スコットランドのケイスネスという地方に住む人を対象に、目の色と髪の色を調査したものです。

*2:引数scalingには、"standard"、"centroid"、 "Benzecri"、"Goodman"の4つのオプションが用意されています。

*3:因みに、jointplot以外のオプションとしては、rowplot、colplot、regplot、graphplot、benzplot、transplot、orddiagがあります。詳しくは、パッケージのPDFマニュアルを参照。